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黄宗羲对东林士人的浩然正气和历史影响有深刻认识，绝非偶然。
《明儒学案》当黄宗羲在世时，已有刻本流传，为世人所重。
此书不载李贽，亦可谓大醇小疵。
黄宗羲在撰述《明儒学案》后，于晚年着手著《宋儒学案》、《元儒学案》，“以志七百年来儒苑门户”
[21]，未及成编而卒。
临终前，命其子黄百家继续纂辑。
黄百家在其父已撰成17卷的基础上，增撰了十几个学案，未能续成父业而卒。
此后，此书的纂辑由全祖望继承下来。
全祖望（1705—1755）是浙江鄞县人，字绍衣，号谢山，自署鲒埼亭长、双韭山民，学者称他谢山先生。
全祖望年轻时以才识见称，宦途受挫后即以讲学、著述为业。
他推重黄宗羲的学术，自称是黄门私淑弟子，决心完成黄氏父子未竟之业。
全祖望自乾隆十年（1745）起，续撰《宋元学案》，经历10年工夫，包括对黄氏父子旧稿的订补和他的续作，共得86卷，完成了全书的绝大部分。
这距全祖望手订《序录》所包含的百卷之数，尚缺14卷，他也未能终编而辞世。
道光十八年（1838），王梓材、冯云濠以黄氏后人所编次的86卷及全祖望旧稿，据《序录》的宗旨、规模，整理补充，乃成百卷之数。
《宋元学案》从黄宗羲创始，经过几代人的纂辑，历时近一个半世纪，终于撰成，这在中国史学史上是一件值得称道和纪念的事情。
《宋元学案》的体例大致与《明儒学案》相仿，但也有所发展。
第一，《宋元学案》于每一学案增设一表，这是因为宋代学派林立，师弟子传承相继而起，头绪纷繁，列表便于观览。
学案表为黄、全所创，大部分出于王、冯所补。
第二，《宋元学案》有《序录》一篇，出于全祖望之手，这是仿《史记·太史公自序》的体例，唯不记作者本人家世。
《序录》确立了全书百卷的规模，也指示出每卷的内容和主旨，具有发凡起例的性质。
第三，《宋元学案》于每一学案之后，多载时人或后人评论，以明其主旨与得失。
从学案体史书的发展来看，它在体例上比《明儒学案》更加完备了。
《宋元学案》的最后5卷是：《元祐党案》和《庆元党案》，撰者谓“此两宋治乱存亡之所关”
者；《荆公新学略》、《苏氏蜀学略》、《屏山鸣道集说略》。
作者认为王安石、苏洵父子“杂于禅”
，李纯甫则“雄文而溺于异端”
，故不以学案为名，置之书末，以示区别，这是作者治学案而“不可不穷其本末”
之意。
以上两部学案体史书各有长短：在突出宗旨和取材精审方面，《明儒学案》优于《宋元学案》；在立论公允、体例完备、内容丰富方面，则《宋元学案》优于《明儒学案》。
它们有一个共同的特点，即都显示了作者在总结学术史的同时，也表现出对于政治的关切。
《明儒学案》中的东林学案和《宋元学案》中的元祐、庆元两党案，可以证明这一点。
尤其是《东林学案》同黄宗羲在《明夷待访录》中所洋溢的历史批判精神，是完全一致的。
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