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此外，在招生、收费等问题上都作了重点规定。
《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》则从进一步完善政府治理责任的角度，对强化民办高校规范管理作了规定。
主要包括加强民办高等教育的统筹、规划和管理，积极探索营利性与非营利性民办学校分类管理，规范民办高校的法人登记制度，完善督导专员制度，依法明确民办高等教育机构变更、退出机制，加强教育部门或第三方评估机构对民办高等教育的办学评估等。
（二）规范法人治理
在规范法人治理方面，《引导民办高等教育健康发展的通知》规定要严格民办高校内部管理体制。
明确董（理）事会、校长的职权分工。
依法建立政府对民办高校的督导制度，省级政府教育主管部门向民办高校委派督导专员。
在此基础上，《民办高等学校办学管理若干规定》给予了细化和深化。
比如，在加强民办高校监督管理方面，除了要建立对民办高校的督导制度外，明确省级教育行政部门应当建立健全民办高校办学过程监控机制，及时向社会发布民办高校的有关信息。
省级教育行政部门按照国家规定对民办高校实行年度检查制度等。
《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》则提出了一系列完善法人治理结构的措施。
如明确理事会或董事会作为决策机构，民办学校的举办者和出资人通过这一决策机构参与对学校的治理；明确了校长的职权范围，健全党组织和教职工代表大会制度，完善监事制度。
《促进民办教育健康发展的实施意见》则进一步细化了相关规定。
比如，强调规范民办学校董事会（理事会）成员构成，限定学校举办者代表的比例，完善董事会议事规则和运行程序，健全校长和领导班子的遴选和培养机制等。
（三）加强财务管理
第一，加强法人财产权管理。
《引导民办高等教育健康发展的通知》明确民办高校要落实法人财产权，出资人按时、足额履行出资义务，投入学校的资产要经注册会计师验资并过户到学校名下。
《民办高等学校办学管理若干规定》的相关规定更为细致，第六条除规定民办高校的举办者应当按时、足额履行出资义务外，特别强调“民办高校的借款、向学生收取的学费、接受的捐赠财产和国家的资助，不属于举办者的出资。
民办高校对举办者投入学校的资产、国有资产、受赠的财产、办学积累依法享有法人财产权，并分别登记建账”
。
同时规定了过户的时限，即“民办高校的资产必须于批准设立之日起1年内过户到学校名下。
资产未过户到学校名下前，举办者对学校债务承担连带责任”
。
《促进民办教育健康发展的实施意见》更加强调分类登记建账和转款账户管理等制度。
提出民办学校应将举办者投入的资产、办学积累的资产、政府资助形成的资产分类登记建账，将学费收入、政府资助等公共性资金存入学校银行专款账户，主管部门要对学校公共性资金的银行专款账户进行监管，确保办学经费不被挪作他用。
第二，完善财务管理制度机制。
《引导民办高等教育健康发展的通知》和《民办高等学校办学管理若干规定》均提出要依法设置会计机构和会计人员。
建立健全内部控制制度，严格执行国家统一的会计制度。
严格执行价格部门批准的收费标准和收、退费办法。
收取的各项费用应按规定予以公示。
《国家中长期教育改革和规划纲要（2010—2020年）》在规定依法建立民办学校财务、会计和资产管理制度之外，第一次在国家战略层面提出建立民办学校办学风险防范机制，明确提出要建立民办学校办学风险防范机制和信息公开制度，加强对民办教育的评估，这对深化民办教育风险防范、促进民办教育依法办学、健康可持续发展起到积极的推动作用。
《促进民办教育健康发展的实施意见》则在加强民办学校办学管理信息系统建设，完善办学风险评估、预警机制，制订工作预案，加强监管以及建立民办学校退出机制等方面作出了诸多创新性规定。
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