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科学哲学史的这些研究不仅仅是对思想事件的清点和梳理，而是发现了几条重要的知识谱系，重新确认了一批科学哲学家或科学家与哲学家的思想共同体：原子论的知识谱系，数理论的知识谱系，四因说的知识谱系，经验论的知识谱系，机械论的知识谱系等，由于篇幅有限我们略掉了进化论或历史主义、多元论或相对主义等知识谱系。
当然，各知识谱系之间有时是交叉的。
与传统研究的区别在于，科学哲学史所说的知识谱系既不是科学史之间的内在联系，也不是哲学史的“解释循环”
，而是科学家和哲学家对某些观念的共识、共建与共享。
四、基本范畴的选择
在科学哲学的漫长发展过程中，有许许多多这样或那样的范畴，但这些范畴的地位和作用以及存留并不是一致的。
有些范畴较之其他范畴更重要，有些范畴较之其他范畴更有作用，有些范畴较之其他范畴具有更长的生命力。
因此我们把那些地位重要的，发挥更大作用的且生命力更旺盛的范畴称之为基本范畴。
在科学哲学的长期思想演化过程中，在诸多范畴中，涌现出一批基本范畴。
如古代的逻辑论证观念：古希腊罗马时期科学哲学思想家区别于同期文明的最大区别在于逻辑论证。
东方文明如埃及和中东地区早已广泛使用了直角三角形三边之间的数量关系，例如中国的商高定理等。
但只有毕达哥拉斯才用逻辑论证的方法定义了“a2+b2=c2”
。
结果虽然一致，但论证方式却是革命性的。
这也是东西方文明的重大分野之一。
[20]中世纪的双重真理观念（来自于信仰的真理和来自于理性的真理）：认为同一个真理可用双重形式表述，即哲学的理性思辨形式和神学的隐寓象征形式；存在两种并行不悖的真理，即哲学和科学的真理与神学的真理，前者来自经验和科学实验，后者来自神的启示和信仰。
伊本·路西德首倡此说，其后本格尔（SigerusdeBrantia）、邓斯·司各脱、奥卡姆以及弗兰西斯·培根等人有同样主张。
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近代的强调研究规则（基于归纳的方法和基于演绎的方法）：追求完美或确定性的追求也许成就科学事业，也许成就某种宗教信念，而近代科学大师能够区别于其他神职人员或信众的特质还在于，他们都创造并遵循某种特定的研究规则，如弗兰西斯·培根的“新工具”
、笛卡尔的“方法谈”
都在强调科学探索一定要遵循一种特定的行为规范，也就是科学方法。
这些规则后方法使得近代科学家与经院哲学家区别开来。
[22]现代的语言转向（分析命题和综合命题）：“语言学转向”
最早由维也纳学派的古斯塔夫·伯格曼在《逻辑与实在》（LogidReality，1964）一书中提出的。
但使这个说法得到广泛流传和认同的，则主要缘于理查德·罗蒂所编的《语言学转向——哲学方法论文集》（TheLinguisti：EssaysinPhilosophicalMethod，1967）一书的出版。
[23]后现代的修辞转向（私人知识和公共知识）：例如，HerbertW.Simons早在1990年就发表了《修辞学转向：探索行为中的发明和劝诫》（TheRhetori：IionandPersuasioo：UyofChicagoPress，1990），拉图尔在他的“科学在行动”
中也发挥了修辞学在真理接受中的重要作用。
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为了识别一般范畴与基本范畴，我们大致采用如下标准，所谓的基本范畴一般指：第一，往往作为某一流派的基本观念如逻辑经验主义的分析性命题和综合性命题；第二，作为基本范畴的范畴往往决定或影响着某一阶段后某些重大问题的思想走向如理论与观察；第三，作为基本范畴的范畴往往具有贯通性，不断地在不同流派中被讨论被修正，如科学与哲学；第四，作为基本范畴的范畴往往是任何一种流派都无法规避的，如知识与权力等。
按照上述分析及其标准，选定了如下范畴：科学与哲学；分析与综合；理论与观察；发现与辩护；实在与建构；解释与理解；规范与革命；知识与社会；自然与文化；事实与价值。
上述十对范畴的选择不仅仅是对科学哲学一种分解，同时也是对科学哲学的一种重建。
正是借助这些范畴，我们才有可能追寻科学哲学在思想史上的来龙去脉，才能看清逻辑经验主义“拒斥形而上学”
的假象，才能正确地定位科学哲学不同流派的思想地位和理论局限。
五、研究纲领的重建
对于学术研究而言，思想方法和研究进路的选择具有决定性的地位。
为了理解科学哲学在十对基本范畴中的思想演化规律，我们选择了如下几种思想要素。
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