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关于《历史》的内容结构及各卷成书之先后，尚存在较大的争议[10]。
一般认为，全书大致可分为两大部分，第一部分包括第1卷至第5卷27章，基本是按照波斯帝国发展的年代顺序写成的，叙述了波斯帝国的兴起和扩张经过，直至伊奥尼亚人发动叛乱，引发公元前490年大流士对希腊的进攻。
自第5卷28章至第9卷，是全书的第二部分。
从叙述伊奥尼亚人的起义开始，较为严格地按照时间顺序记述了希波战争的经过，直至公元前479年希腊人取得普拉提亚和米卡列战役的胜利、波斯人退出爱琴海地区为止。
第一部分与交代希波战争的历史背景有关联，但结构松散，内容庞杂，中间夹杂了大量与主题无关的插话，还包括一些奇异荒诞的异闻传说，体现出浓厚的地理学和人种志的色彩。
第二部分虽然也包含了一些插话，但并没有对主题内容构成较大影响。
希罗多德对希波战争进行了较完整而系统的叙述，其内容主要集中在军政大事方面，地理学和人种志的色彩已经褪色了。
一般认为，全书前后两大部分迥然有别，实际上反映了希罗多德从散文纪事家至历史学家的转变。
图7.3希罗多德头像
希罗多德的《历史》是西方史学史上第一部真正意义上的历史著作。
希罗多德开篇便宣称《历史》的内容是他本人的调查研究成果，属于作者本人所有的，作者亦应对其负责[11]。
在叙述了波斯人和腓尼基人关于希腊人与异邦人在远古时期互相掳掠妇女而互相敌视的传说之后，希罗多德说：“这两种说法中哪一种说法合乎事实，我不想去论述。
下面我却想指出据我本人所知是最初开始向希腊人闹事的那个人，然后再把我所要叙述的事情继续下去……”
[12]这些话表明希罗多德自觉地意识到历史事实与历史叙述的关系。
“运用文献作为实证恰好是区别希腊史学与史诗特有的方法。”
[13]“历史学是一个希腊名词，原意只是调查和研究。
希罗多德采用它作为自己著作的标题，从而‘标志着一场文学革命’（正像一位希腊文学史家克罗瓦赛所说的）……正是使用了这个名词及其含义，才使得希罗多德成为了历史学之父。”
[14]
通过对证据的探询和批评，希罗多德不仅保存、整理了原有的传说和事实，而且更为重要的是，他把历史引向更广阔的未知领域，去发现新的事实，从而扩大了历史研究的范围，甚至使之延伸至当时希腊人所不知道的世界，从而在西方史学上开创了社会文化史传统。
其《历史》一书内容丰富、包罗万象，详细记载了西亚、北非、希腊众多地区的地理环境、土地出产、民族分布、风俗习惯、宗教信仰、名胜古迹、政治历史等，俨然一部古代世界的“百科全书”
。
对此，公元前1世纪的希腊史家狄奥尼修斯评论说：“希罗多德把历史提到更高的和更值得尊重的阶段：他决定写关于不是一个国家，不是一个民族的事情，但是他在自己的叙述中把许许多多的、各种各样的故事，欧罗巴的和亚细亚的都结合到一起。”
[15]
《历史》一书中的史料可分为以下三类：文献资料、考古资料和口述资料。
文献资料主要包括史诗、抒情诗、神谕、散文纪事家特别是赫卡泰乌斯的作品，可能还有一些官方档案文献等[16]。
考古资料主要包括古物碑铭和其他实地调查材料[17]。
口述资料则包括目击者的证词和传闻，此部分材料构成了《历史》的重要资料基础[18]。
由于希罗多德的主要撰述目的之一“是为了保存人类的功业，使之不致由于年深日久而被人们遗忘”
，因此“有闻必录”
自然成为他处理史料的一项基本原则[19]。
不过，希罗多德对待史料已采用了批判的方法，从而超越了前辈学者赫卡泰乌斯。
首先，希罗多德自觉通过实地调查来获取史料。
其次，希罗多德自觉把目击者的证词、传闻等口述资料相区别，并对其真实性作出判断。
希罗多德虽然秉持“有闻必录”
的原则，但并不是“毫无批判地相信目击者所告诉他的任何事情。
相反地，他在实际上对他们的叙述是严加批判的”
[20]。
例如，对于涅乌里斯人每年变成狼一次，斯奇提亚地区长着山羊腿的民族等荒诞无稽的传说，希罗多德则直接宣称其不可信。
如果希罗多德无法证实哪一种说法更为可信，他便采取存疑的方法，把多种说法都列举出来。
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