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现代大学不是自足的机构，举办大学是一项非常昂贵的事业，大学除了向学生收取学费，出卖智力资源，通过投资和经营获得收益，支付运转经费之外，也要接受政府和私人机构的资助。
接受外部资助，对大学自治是一个严重的威胁。
这些资助经常以大学放弃的对资助资金的自主使用，甚至以大学放弃自主地制定学校整体发展规划为条件。
现代大学自治中，非常重要的一个方面是大学能够自主决定如何使用学费收入、政府和私人机构的资助资金，因为这是大学其他方面自治不可或缺的条件。
然而，这并不排除资金提供者对大学资金使用的会计和审计上的监督，或者要求大学对资金的使用提交符合标准的报告。
资金提供者有权要求大学将其提供的资金用于教育和研究目的，而不挪作他用。
中世纪一些大学享有维护校园内部秩序的警察权，随着国家在公共事务方面承担越来越多的责任，现代大学大多已经丧失了这种权利。
而在日本，人们还十分看重大学的这种权利。
日本学者一般认为，警察权在校园中的行使，应承认大学有第一位的优先认定权，即只有在大学认为有必要，并提出要求时，警察权介入校园事务，才是可以接受的。
比如，《注解日本国宪法》一书认为，“在大学内部行使警察权时，以尊重大学之判断为必要，不容许警察之恣意的判断。”
[8]但是，法院对此有不同的态度。
在东京大学Popolo剧团案第一次上诉判决（東大ポポロ事件第一次上告審判決）中，法院认为，学术自由与大学自治应受到公共福祉的限制，在大学内的警察活动，虽不是没有限制，但却应比较宽容。
若“集会之目的并非真的为了学问的研究与发表，而是实际社会上之政治的、社会的活动，并且为公开之集会或准照此者，并不享有大学之学问自由与自治。
从而，警察官进入本件之集会，并未侵犯大学之学问自由与自治。”
[9]而在爱知大学案二审判决（愛知大學事件第二審判決）中，法院则更重视大学自治的保障，严格限制以大学为对象的警察活动：“如将有无必要进入校内之判断，委诸警方片面认定，则难免因此实质上侵犯大学之自主性。
因此，除紧急或其他不得已之事由外，警察人员之进入校园内，除已得到法官之令状者，原则上应得大学之同意或谅解，始得为之。”
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1973年美国卡耐基高等教育委员会（egieissioion）的一份报告指出，应完全由高等教育机构自行决定的事项包括：
（1）指定资金使用于特殊之目的；
（2）支出费用仅受审计上的监督；
（3）决定大学雇员的分配、工作负担、薪资及升迁；
（4）选择教师、行政人员及学生；
（5）建立有关等级、学位授予、开设课程及发展计划上的学术政策；
（6）研修有关学术自由、成长比率以及研究和服务活动的行政之政策等。
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以上方面可以作为了解大学自治主要内容的重要参考，也可以作为检查各大学自治程度的参考指标。
从根本上说，大学自治是大学的所有者（董事会）、举办者（大学内部的行政人员）和实践者（大学教师），依照自己的教育哲学，决定将一所大学办成“什么样的大学”
的权利。
不可否认，与这个问题有关的每个方面都应该成为大学自治的内容。
大学自治不是一点一滴的，而是整体的。
在大学自治中，大学自主地确定发展目标、基本政策和教育计划尤为重要，如果大学不能自主决定这些方面，自治就无从谈起。
大学哲学之于自治大学，犹如人生的理想之于一个独立的人，决定自治大学行动的基本原则。
比如，一所大学可能选择与社会融合，另一所大学可能选择在一定程度上保持与社会的适当距离，谨慎地维护自己的独立和理念；一所大学可能强调尊重学生的自主选择，另一所大学可能会在学术方面对学生坚持严格统一的标准。
尊重大学的自治权，就是要尊重每所大学的个性，正如尊重个人的自由，就要尊重每个人的个性一样。
[1]松元忠士，大學の自治［A］.周志宏.学术自由与大学法［M］.台北：蔚理法律出版社，1989.57-58.
[2]周志宏.学术自由与大学法［M］.台北：蔚理法律出版社，1989.78-79，96.［美］德里克·博克.走出象牙塔：现代大学的社会责任［M］.徐辉，陈晓菲译.杭州：浙江教育出版社，2001.41.
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