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这使得教会以罗马教廷为中心，建立了一个庞大的基督教王国。
教会负责信徒的精神事务，而且经常干涉本应由国王负责的世俗事务。
而北方的宗教改革家们提出，信徒与上帝的接近，无须以教会为媒介，只须以《圣经》为媒介，且要透过信徒的理性。
这种理论动摇了罗马教廷的地位。
在与罗马教廷的斗争中，北方的宗教改革家们得到了世俗力量的支持，建立了与世俗统治者关系密切的新的教会组织。
在新教国家，罗马教廷的势力被严重削弱。
在这样的背景下，民族国家在欧洲出现了。
新出现的民族国家有强有力的政权，对社会生活施行全面干预。
欧洲的17世纪被称为“专制政治的时代”
（theageofabsolutism）。
[9]政府推行重商主义，资本主义原始积累迅速发展，新兴资产阶级快速成长。
社会变革对大学产生的后果是，世俗政府利用政治权力和行政权力对大学施加更多的影响，而教会在精神领域对大学实施的控制并没有减弱。
[10]
大学与政府的关系正在改变。
一方面，政权的强大使其不再像过去一样，一味地迁就大学的要求；另一方面，大学数量越来越多，使其逐渐丧失了稀有价值，而且，随着大学规模和教学设施的不断增加，自由迁徙已经不可能了，传统的大学对抗政府维护自己特权的主要武器——罢课和迁移——失去了作用。
同时，由于货币经济日益发达，大学财政的独立也丧失了。
于是，大学原有的特权被慢慢剥夺。
以巴黎大学为例：1437年，被剥夺了税务特权；1449年，司法特权被取消，直接隶属于巴黎最高法院；1499年，失去了罢课权。
尽管15世纪以后，巴黎大学还保留了某些传统的特权，但实质上已沦落为法国国王统治的工具。
与此同时，许多国家的政府致力于建设新的大学。
最早是西班牙。
“由于西班牙重新从伊斯兰教徒的占领下收复而带来的进步，由于伊比利亚王朝统治的巩固，出现了新的教学机构。
它们之中虽然有些是从以前就存在的学校发展而来的，但它们不再是自发的和像波伦亚、巴黎、牛津各大学那样逐步形成的。
它们大多是在封建王侯和教皇的参与之下创建的真正公共性质的学校。”
[11]新大学也开始出现在中欧、北欧和东欧各国。
在这时期，经过改造和新建的大学有四五十所。
这些大学的创建，虽然还在一定程度上依赖教皇，但是，政府的目的是希望它们成为民族性的和公共的教育机构。
民族国家建立以后，各国高等教育要与本国的政治制度和基本政策相适应，这使得学校自治在各国有不同的命运。
法国是一个具有集权主义传统的国家，教育管理体制也是其集权主义体制的一部分。
巴黎大学比其他传统大学更早、更大程度地进入政府管理体制，并不是偶然的。
法国大革命之后，拿破仑建立“帝国大学”
，进一步奠定了法国中央集权的教育制度的基础。
“帝国大学”
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