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为满足举办者利益，同时又不违背教育不得营利的原则性规定，《民办教育促进法》第五十一条规定：“民办学校在扣除办学成本、预留发展基金以及按照国家有关规定提取其他的必需的费用后，出资人可以从办学结余中取得合理回报。
取得合理回报的具体办法由国务院规定。”
《民办教育促进法实施条例》第四十四条至第四十七条对如何取得合理回报、合理回报的比例及其不能取得合理回报的法定情形作出详细规定。
合理回报制度从此登上民办教育历史舞台并成为日后饱受争议的话题之一。
另一方面，涉及学校法人财产权问题。
《社会力量办学条例》规定：“教育机构在存续期间，可以依法管理和使用其财产，但是不得转让或者用于担保。
任何组织和个人不得侵占教育机构的财产。”
“教育机构清算后的剩余财产，返还或者折价返还举办者的投入后，其余部分由审批机关统筹安排，用于发展社会力量办学事业。”
其中虽未明确提出法人财产权概念，有关剩余财产的处理规定中对举办者的投入也没有作出明确界定，导致民办学校举办者滥用举办者身份肆意侵犯民办学校财产权的事件屡有发生。
《民办教育促进法》进一步明确了学校法人财产权制度，第三十五条规定：“民办学校对举办者投入民办学校的资产、国有资产、受赠的财产以及办学积累，享有法人财产权。”
第三十六条规定：“民办学校存续期间，所有资产由民办学校依法管理和使用，任何组织和个人不得侵占。”
《民办教育促进法实施条例》第三十六条则对民办学校资产中的国有资产、民办学校接受的捐赠财产的使用和管理具体作了规定。
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（三）完善法人治理结构
健全完善的法人治理结构是保障民办学校科学化、规范化办学、规避各类办学风险的重要基石。
《社会力量办学条例》在第三章“教育机构的教学和行政管理”
部分提出，民办学校可以设立校董会并对校董会的组成、人员任资资格、条件、职责分工等作出了规定，如规定“国家现职工作人员不得兼任教育机构的董事”
“担任教育机构的董事、校长或者主要行政负责人和担任总务、会计、人事职务的人员之间，实行亲属回避制度”
等。
但整体规定还较为粗糙，特别是校董会的设立并不当然作为民办学校的必设机构，导致很多学校没有设立或虚置校董会。
《民办教育促进法》则在第三章“学校的组织与活动”
从第十九条到第二十四条对民办学校法人治理结构作出了重点规定，明确“民办学校应当设立学校理事会、董事会或者其他形式的决策机构”
。
同时对民办学校理事会或董事会的人员组成、任职资格、具体职权、法定代表人、校长职权等作出了具体规定。
《民办教育促进法实施条例》则首次提出“学校章程”
问题，指出“民办学校的举办者应当依照民办教育促进法和本条例的规定制定学校章程，推选民办学校的首届理事会、董事会或者其他形式决策机构的组成人员”
。
并对理事会或董事会职权、会议召集、重大事项处理等具体实现作出了更加细致的规定。
此外，《社会力量办学条例》《民办教育促进法》《民办教育促进法实施条例》等在规范招生简章和广告等办学行为、民办学校解散退出等方面均作出了规定，特别是《民办教育促进法》首次提出“教育行政部门及有关部门依法对民办学校实行督导，促进提高办学质量；组织或者委托社会中介组织评估办学水平和教育质量，并将评估结果向社会公布”
等具体措施，为加强民办学校监管、防范民办学校办学风险等提供了新的认识思路和工作路径，具有积极的意义。
总之，这一阶段对民办学校办学风险防范关注，从招生办学等领域扩展到资产监管、法人财产权、法人治理结构等多个领域。
特别是2002年《民办教育促进法》确立的“积极鼓励、大力支持、正确引导、依法管理”
方针，成为我国民办教育走向法制化和规范化的里程碑，对民办教育发展产生了深远的影响。
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