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如果钞关徵税时，对漕运官船、贡船查验过严，便会引来漕督的干涉。
在明中后期，朝廷时常派遣巡漕御史兼巡钞关，监督税收徵收，確保税款如数上缴。
这一制度虽然能在一定程度上遏制贪腐，但往往也会增加钞关方面的压力。
户部、地方、漕督、御史，四方协管钞关，其初衷当然是让各方互相监督，但落到实处，却往往是相互掣肘。
为了避免这些已知的问题，皇帝对海关衙门的设计便是皇帝直辖、垂直领导，以及独立地位。
所谓皇帝直辖、垂直领导，也就是海关总署直接受皇帝本人领导，只对皇帝负责。
总署署长日常向司礼监匯报工作，但有权隨时向皇帝陈奏。
海关总署下辖各直属海关，各直属海关受海关总署直接领导，只对海关总署负责。
直属海关以下可设隶属海关，但以目前的情况来说，暂时不需要第三级机构。
而独立地位也就是海关在业务上只听从海关总署的命令，地方官府无权管理或干预海关的执法工作。
与之相对，海关总署的宦官也无权干涉地方政务。
刘克敬当然不知道皇帝的设计，於是若有所思地点了点头：“我明白了，是这么个章法。
確实比从前的市舶司看著规整。”
他顿了顿，又想起什么，追问下去：“说起市舶司，我若是没记错的话，福建泉州、广东广州各有一个市舶司吧？如今贵署成立了，这些旧衙门又要怎么办？”
高时明轻轻敲了敲桌面，思索著说道：“按照宫里目前的规划，应该会对市舶司的业务做一个拆分。”
“业务拆分？怎么”
刘克敬脸上露出不解的神色，刚想问话却又咳了两声。
“咳咳，怎么个拆法？”
“行简兄应该也知道，从前的市舶司，管得太杂了。
既要接待海外诸国的朝贡使节，安排朝贡事宜，又要管海上的贸易往来，收税验货。”
高时明缓缓说，“拆分之后，朝贡的那部分，就交给礼部专管，而海上贸易的事，就比如我先前说的发放进出口许可、徵收关税、查缉走私、查验货物这些事情，就全归到海关总署底下的分关来管。”
市舶司隶属於布政使司，却又是一个兼具外交与税收职能的衙门，接待各国贡使及其隨员，便是该衙最主要的业务之一。
就比广东市舶司需要接待占城、暹罗、满剌加、真腊等东南亚诸国的贡使，福建市舶司需要接待琉球的贡使，而已经被裁撤掉的浙江市舶司原本是要接待日本贡使的。
“这么说”
刘克敬听得仔细，但眉头却因为喉头的干痒而紧皱起来：“市舶司是要彻底取消建制了？”
“你这么理解也没错。”
高时明点点头，“日后海上商贸的事，全由海关总署统筹，市舶司这个名头也就没有保留的必要了。”
“也是。
旧制积弊甚多，新设总署，分职明確，確实也是好事。”
刘克敬捏著嗓子说，“只是不知，市舶司拆分解散之后，底下那些旧官老吏、监司宦官，宫里又要如何处置？”
“这便是总署草创阶段要考虑的事了。”
高时明笑了笑：“提举、副提举这些正科出身的五、六品文官我们不管，吏部、礼部自有安排。
至於那些吏员，有经验、懂业务的，或许会调去新设的海关当差。
至於那些不堪用的.宫里不养閒人，裁汰掉就好了。”
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