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他们回国后，许多人成为我国各界，特别是科学、文化和教育界的著名人士。
抗日战争时期
1937年，抗日战争全面爆发后，清华大学南迁，先在湖南长沙与北京大学、南开大学合组国立长沙临时大学。
不久，再迁至云南昆明，定名为“国立西南联合大学”
，简称西南联大，于1938年5月正式开学。
西南联大设有文、法、理、工和师范等五个学院，共26个系，两个专修科和一个先修班。
在校学生约3000人，是当时国内规模最大的高等学校。
西南联大不设校长，由北大、清华、南开三校校长和联大秘书主任组成常务委员会，常委梅贻琦主持校务。
西南联大是北大、清华、南开三校精英之荟萃，群贤毕至，以教授水平高、学风校风好、爱国民主氛围浓、进步力量强大而蜚声中外，被人们誉为大后方的“民主堡垒”
。
在这一时期，清华大学既是西南联大的一个组成部分，又单独设立了清华大学办事处，由校长梅贻琦领导，负责处理有关清华的特殊事宜，如清华基金的使用。
还设有清华研究院（设文科、理科、法学三个研究所共12个学部）和清华特种研究所（设农业、航空、无线电、金属、国情普查等五个研究所，只进行专门研究，不招收研究生）。
抗日战争胜利后，1946年5月西南联大结束。
同年夏秋，清华大学复原回到北平清华园。
清华园在北平沦陷期间，被日本侵略军抢占，沦为日军兵营和伤兵医院，学校遭受了空前的洗劫，仪器设备和家具损失达90%以上，图书损失超过半数，教学楼与实验室也受到严重破坏。
复原后的清华大学进行了艰苦的恢复工作。
这一时期，清华大学的院系有较大增加。
较之战前，文学院增加了人类学系，理学院增加了气象学系与心理学系，法学院增加了法律学系，工学院增加了航空工程学系、化学工程系和建筑工程学系，还在原农业研究所基础上新设了农学院，包括农艺、植物病理、昆虫、农业化学等4个系。
这样，清华大学成为包含文、法、理、工、农五个学院共26个系的综合大学，比战前多了10个系。
在历史进程中，无论是在建校初期，还是在20世纪二三十年代学校发展阶段，或者在西南联大的艰苦岁月，清华始终以执着的爱国精神和严谨的学风教育莘莘学子，不仅为祖国培养了一代代优秀学者，而且涌现出一批批民主斗士和人民解放的先锋。
不少校友为祖国解放和社会主义事业奋斗终身；许多健在的同志至今仍奋力工作在党和国家以及各条战线的负责岗位上，不停地为祖国做出贡献。
新中国成立后至“文革”
时期
1948年12月15日，中国人民解放军进驻海淀，揭开清华历史光辉的一页——清华大学从此成为人民的大学。
1949年1月10日，北平军管会文化接管委员会代表在校正式宣布接管清华大学，历经沧桑的清华开始了她历史的新纪元。
新中国成立后不久，清华大学对院系设置进行了局部调整。
1949年9月，清华大学农学院分出，与北京大学及华北大学的农学院合并，成立北京农业大学。
1951年5月，厦门大学、西北工学院、北洋大学3校的航空系并入清华，设立清华大学航空学院。
为更快地培养国家急需的专业人才，自1949年11月起，清华大学先后设立了15个专修科，到1954年7月结束。
根据国家社会主义经济建设的需要，1952年6月，全国高等学校进行大规模院系调整。
在院系调整中，北京大学及燕京大学的工学院并入清华，清华大学文学院、理学院和法学院并入北京大学。
同时，又以清华某些院系和其他院校相关系科为基础，成立了北京航空学院、北京钢铁学院、北京矿业学院、北京地质学院。
院系调整后，清华大学设置机械制造、动力机械、土木工程、建筑、电机工程、无线电工程和石油工程等8个系，共22个专业。
不久，石油工程系又调出清华，组成北京石油学院。
这次院系调整，使清华由延续27年并已形成自己特点的多院制综合大学的体制，转变为一所多科性工业大学。
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