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基金会运营支出全部来源于基金及其增值，基金会作为管理者，并没有自己的利益，基金会的任何收入都不能用于分配。
比如，在进行股权投资时，除了被投资方的经营范围与慈善组织的宗旨和业务范围直接相关的情形，即开展扶贫济困、支持困难群体就业创业等慈善活动所需要进行的股权投资以外，慈善组织不得进行其他直接的股权投资。
这既减少慈善组织通过直接成立营利性企业进行利益输送的可能，也防止捐赠财产转变为长期股权后丧失了流动性，影响慈善活动支出。
6．资产配置
不同基金会的风险偏好并不一致，但基金会具有社会公共财产的属性，投资管理上需要尤为强调安全性。
基金会投资总监和投资委员会需要根据基金会的风险承受能力和投资目标，确定投资于各类资产的组合比例。
根据《暂行办法》，可供基金会选择的资产类别包括：直接购买银行、信托、证券、基金、期货、保险资产管理机构、金融资产投资公司等金融机构发行的资产管理产品；通过发起设立、并购、参股等方式直接进行股权投资；将财产委托给受金融监督管理部门监管的机构进行投资。
在我国的实践中，大多数基金会并未进行战略资产配置，也没有在战略资产配置框架下进行战术性的资产种类转换和交易机会获取。
少数发展靠前的基金会，既进行长期战略资产配置，也允许通过短期的战术层面的操作来增加资产的价值。
在进行资产配置时，投资总监和投资委员会可使用历史记录和预期收益、标准差、相关度、资产配置评估频率、同类基金会比较分析等工具，提升基金会投资的专业性。
基金会应当制定风险控制机制，确定基金会风险容忍度，定期对投资管理机构的管理风险进行评估。
基金会应根据投资品种的风险水平以及所能承受的损失程度，合理建立止损机制，并可以建立风险准备金制度。
基金会投资还应注重防范集中度风险，投资权益类和固定收益类等资产，单个投资项目的投资金额不超过慈善组织总资产的30%。
另外，基金会监督机构管理者还需要识别和评估投资行为风险，定期向理事会提交风险报告。
7．基金会治理
在基金会治理架构中需要充分考虑投资业务的安排。
比如，理事会需要履行的职责包括：审定投资管理制度及风险控制机制、确定投资战略和风险容忍度、确定投资管理机构的选择标准、确定重大投资方案、确定对执行机构和有关负责人在投资方面的授权范围、检查和监督投资管理工作等。
在实际操作过程中，有的基金理事会引入了投资专家，而另外一部分基金会则没有。
对于理事会的以上各项职责，基金会理事会做出大部分投资决策或者很大程度上授权给投资总监和投资团队，不同基金会在实操中也有所区别。
根据理事会授权，基金会的执行机构或者经理事会决定设立的专门投资机构履行下列职责：执行理事会制定的投资战略、规章制度及其他有关决议；执行年度投资计划和其他重大投资方案；确定和监督投资管理机构；控制投资风险等。
监督机构对本基金会的投资活动进行监督，履行下列职责：审核和监控投资行为的合法合规性；识别和评估投资行为风险；定期向理事会提交风险报告等。
在我国基金会目前状态下，只有部分大型基金会较为严格按照理事会、投资执行机构、监督机构的架构进行投资管理，小型基金会甚至有的没有任何投资。
基金会也只有一部分制定了投资政策或投资声明，另外一部分只在章程中对投资有简单提及。
基金会投资政策明确了投资责任，随后基金会的投资进入具体环节，包括投资分析、投资品种选择和投资组合的管理。
基金会可选择自行投资金融机构发行的投资品种以及与基金会业务相关的股权，也可以委托专业投资管理机构管理和运作财产。
这些方式在基金会投资治理架构上存在一些区别。
基金会自行开展投资，可内部选拔投资经理团队或外聘专业投资经理团队，在团队融合、效益成本等方面需要比较权衡。
而将资产委托专业投资管理机构管理和运作，与投资机构的沟通便利性、资产安全的可控程度、效益成本等方面是需要考虑的因素。
基金会的业绩评价可以与市场通行的业绩基准进行比较，包括A股沪深300指数收益率、中债综合指数等。
基金会还可通过其他若干基准来补充政策参考基准。
这包括通货膨胀率加上机构支出率，或者被动地加上按照上市公司股票固定收益的一定比例确定基准，或者加上同行的业绩基准。
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