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黎元洪的忧虑是对的。
他虽然接替袁世凯成了民国大总统，但民国政府的实际权力并不在他的手里，他的大总统具有法理上的依据，但真正给他的，让他当的，还是北洋政治强人、国务总理段祺瑞。
所以黎元洪就职后，面对的最大难题，就是总统府和国务院之间的权力分配，于是稍后就有所谓的“府院之争”
，而章太炎不幸又以某种特殊的形态介人其中。
章太炎恢复自由后，归家心切，婉言谢绝了黎元洪的挽留。
7月1日，章太炎回到了离开三年的上海，在那里他受到了各方面的热情欢迎和盛情款待，大家都把他当作反对袁世凯的大英雄。
黎元洪对于自己可能会遇到的困难处境，当然是心知肚明，知道自己不论从政治智慧还是行政能力上，肯定都不是段祺瑞的对手，所以他挽留章太炎，而章太炎毕竟离家三年被囚禁，不可能留在北京。
不过，章太炎临走前还是给黎元洪一个锦囊妙计，告诉黎元洪好好干不必怕，只要南方各种各样的政治势力、军事势力不那么快地向段祺瑞屈服，只要这些反段势力能够存在，你黎大总统的地位就不会出问题。
也正是基于这样一种判断，章太炎到了南方之后是人在江湖心在庙堂，没有一天不在想着北京政府，想着黎元洪，想着怎样对付段祺瑞，想着总统府与国务院之间的权力均衡，想着怎样利用南方势力牵制段祺瑞，使段祺瑞不敢轻举妄动。
南方的势力在当时主要有这样几个分支。
一支还是以孙中山、黄兴等人为主体的革命党人，他们虽然在“二次革命”
后流亡海外，但在袁世凯去世后也就基本上被解除了通缉，相继返回国内，且有英雄返乡的感觉，很快成长为一支具有相当规模的政治势力。
另一支就是西南地区的反袁势力，这就是袁世凯帝制自为后以蔡锷为领袖的护国军、护国政府，主要人物还有蔡锷的老师梁启超，以及蔡锷的部将唐继尧等。
他们在宜布讨袁护国后，与广西军事强人陆荣廷等一起成立“护国军都司令部”
，后来改为“军务院”
，以岑春煊为都司令，唐继尧为抚军长，陆荣廷、梁启超等为抚军。
在章太炎看来，孙中山、黄兴和西南反袁这两股势力的存在就是黎元洪统治稳固的基础和保障，所以他在上海不计前嫌，与孙中山、黄兴一笑泯恩仇，在惩治帝制罪魁，维护《约法》，拥护共和，召集国会等问题上与孙中山达成共识。
然而，对于西南方面，章太炎就没有那么多办法了。
当黎元洪继任后，大局渐趋明朗，原本以反对袁世凯帝制复辟为目的的军务院渐渐失去了继续存在法理基础。
7月14日，唐继尧与梁启超、陆荣廷等人联名发表通电，宣布因为约法、国会渐次恢复，决定撤销护国军军务院，国家一切政务，静听元首、政府和国会主持。
8月1日，参众两院议员在北京得以恢复，重新开会。
21日，众议院通过段祺瑞为国务总理的决议；23日，参议院亦通过了这个决议。
至此，段祺瑞的北洋系重新控制了中央政权。
这在章太炎看来并非一件好事，因为按照他的分析，黎元洪大总统的位子要想坐稳，就必须有南方各种各样的政治势力甚至军事势力为之策应，假如南北重建统一了，南方的政治势力、军事势力全部消解了，黎元洪的位子肯定也就坐不稳了。
基于这样的特殊分析，章太炎不顾刚刚回到南方的劳累和新婚小家，风尘仆仆前往广东肇庆，指责两广都司令岑春煊不该贸然解散护国军军务院，他的理由是帝制余孽犹存，而段祺瑞大权独揽，个人独裁，大难未已，南方力量不应该如此轻易放弃，自动收束。
岑春煊其实是不想解散护国军军务院的，只是他个人的力量无法抵制护国军军务院中的许多人，因为护国军的成立是基于袁世凯称帝的事实，现在袁世凯不在了，护国军和军务院的存在当然没有法理上的依据了。
岑春煊的司令部参谋李根源和秘书长章士钊都是章太炎的好朋友，他们的解释言之成理，章太炎即便怎样坚持，也毫无办法，无法挽回。
失望的章太炎一气之下跑到南洋游历去了，在那里逗留了两个月的时间，到处演讲，以大革命家、大学者的身份赢得了无数喝彩和掌声。
一趟南洋旅行归来，国内政治形势继续演化，总统府与国务院之间的矛盾越演越烈，双方争执越来越严重。
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