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在我国的合并院校中，尤其是在文与理或文与工合并的院校，这种现象绝非个案。
这类现象出现得越多，也就表明我们寄希望于通过院校合并来加速学科融合、促进学校发展所能取得的成效越小。
②校区分散增加了管理的难度。
有些学校合并后，原来独立的学校成为新大学分散的校区。
分散的校区不仅使资源共享、促进深度融合的难度加大，而且增加了学校工作运转的难度和复杂性。
③权力平衡的困难。
合并高校最先遇到的就是干部人事问题，原来各有一套人马，现在两校或多校合在一起，人多岗少，多余的人员如何安排，岗位上安排什么人员，几校如何构造新校部，中层干部如何在两校或多校间平衡等比经济利益的调整要困难得多。
这也增加了合并校的管理难度。
④我国高等学校崇尚垂直型的领导方式，对于学校的大事小事，书记、校长们更习惯于事必躬亲，而不是分权管理。
在管理大学时，他们主要依据自身的经验，从职位的角度来考虑大学的政策和计划，在政策实施、贯彻过程中，追求统一性和一致性及权威的绝对性，而不是从不同校区、不同学科的特殊性和发展的差异性来考虑并解决相关问题。
这种划一性的管理风格和特点与巨型大学的多元性、差异性有时存在着难以调和的冲突。
这需要领导者具有非常高的用权艺术与协调技巧。
而当前我国绝大多数大学校长尽管可能是某一学科领域的专家，但由于都是在狭窄的专业教育模式下成长起来的，他们不仅缺少专业领域以外的知识，而且很多人并不具备掌控一所规模巨大的大学所必备的基本素质，以及相关的管理知识和协调管理能力。
他们可能是好教师、好学者，但是在成为大学校长后，不是一个特别称职的领导者，以至于在该做出决策时，因为缺少相关学科或背景知识而不敢决策，而在不该做出决策时，因为职位的原因却做出了决策。
结果不仅延缓了院校合并后融合的进程，而且使学校处于更加混乱的状态，导致大学管理复杂化。
第二，组织机构的重组与管理困难。
合并高校的另一重要任务是机构重组。
专业和系要重建，相关学科、学系合并组建二级学院。
如是多个校区，各职能部门是否应在各校区建立派出机构。
若设分支机构（分办公室、分教务处、分总务处）则面临机构臃肿的问题；若不设分支机构，又如何保证管理的到位；校部与各校区及校区之间的联络渠道与费用如何保证。
如果实施校区大调整，使各校区组成一个或几个二级学院，同样有校部与二级学院的权力划分问题。
诸如此类问题，都是对学校最高领导层的严峻考验。
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第三，个别合并高校出现了经费问题。
长期以来，我国高校的办学经费主要来源于举办者。
一些高校合并后，随着隶属关系的变化，高校经费的来源也发生了变化。
以吉林大学为例，合并前，吉林大学的经费来自教育部，白求恩医科大学的经费来自卫生部，长春科技大学的经费来自国土资源部，吉林工业大学的经费来自机械工业部，长春邮电学院的经费来自信息产业部。
合并后，其他几个政府部门认为，既然已经没有了管理责任，自然也就没有投钱的义务。
这使吉林大学规模不断增大，开支越来越多，而办学经费来源渠道反而越来越少。
2007年，也就是吉林大学合并后的第七年，吉林大学的负债已达到30多亿元。
与此同时，由强强合并的四川大学虽然没有债务，但也出现了不缺发展思路只缺发展经费的情况。
高校负债与经费紧缺固然有多种原因，但合并之后高校的摊子铺得过大，而经费来源渠道单一无疑是其中的重要因素之一。
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