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1998年7月3日，国务院办公厅转发《教育部、国家经贸委、国家计委、财政部关于调整撤并部门所属学校管理体制的实施意见》，在93所普通高等学校中，除中国矿业大学、华北矿业高等专科学校暂时仍由国家煤炭工业局管理外，其余91所普通高等学校都实行中央与地方共建。
1999年3月16日，国务院办公厅转发《教育部、国防科工委、国家计委、财政部关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的实施意见》，对原中国船舶工业总公司、中国兵器工业总公司、中国航空工业总公司、中国航天工业总公司、中国核工业总公司五个军工总公司（以下简称“五公司”
）所属的25所普通高等学校实行中央与地方共建，其他34所成人高等学校、98所中等专业学校、232所技工学校改制为非学历教育培训机构或划转地方举办和管理。
1999年12月，《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》颁布。
文件规定，除教育部、外交部、国防科工委、国家民委、公安部、安全部、海关总署、民航总局、体育总局、侨办、中科院、地震局等部门和单位继续管理其所属学校外，国务院部门和单位不再直接管理学校；按照“共建、调整、合作、合并”
的方针，在对有关部门和单位所属普通高等学校管理体制调整的同时，调整学校布局结构，优化教育资源配置。
2000年1月29日，教育部、国家计委、财政部联合下发了《关于调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的实施意见》，开始对161所普通高等学校和617所成人高等学校、中等专业学校和技工学校的管理体制进行调整。
1998年通过的《高等教育法》[20]，以法律的形式巩固了前一阶段高等教育体制改革的成果。
其中，第十一条规定：“高等学校应当面向社会，依法自主办学，实行民主管理。”
第十二条规定：“国家鼓励高等学校之间、高等学校与科学研究机构以及企业事业组织之间开展协作，实行优势互补，提高教育资源的使用效益。
国家鼓励和支持高等教育事业的国际交流与合作。”
第十三条规定：“国务院统一领导和管理全国高等教育事业。
省、自治区、直辖市人民政府统筹协调本行政区域内的高等教育事业，管理主要为地方培养人才和国务院授权管理的高等学校。”
第十四条规定：“国务院教育行政部门主管全国高等教育工作，管理由国务院确定的主要为全国培养人才的高等学校。
国务院其他有关部门在国务院规定的职责范围内，负责有关的高等教育工作。”
第二十五条规定：“设立高等学校，应当具备教育法规定的基本条件。
大学或者独立设置的学院还应当具有较强的教学、科学研究力量，较高的教学、科学研究水平和相应规模，能够实施本科及本科以上教育。
大学还必须设有三个以上国家规定的学科门类为主要学科。
设立高等学校的具体标准由国务院制定。
设立其他高等教育机构的具体标准，由国务院授权的有关部门或者省、自治区、直辖市人民政府根据国务院规定的原则制定。”
第二十九条规定：“设立高等学校由国务院教育行政部门审批，其中设立实施专科教育的高等学校，经国务院授权，也可以由省、自治区、直辖市人民政府审批。
对不符合规定条件审批设立的高等学校和其他高等教育机构，国务院教育行政部门有权予以撤销。
审批高等学校的设立，应当聘请由专家组成的评议机构评议。
高等学校和其他高等教育机构分立、合并、终止，变更名称、类别和其他重要事项，由原审批机关审批；章程的修改，应当报原审批机关核准。”
第六十条第一款规定：“国家建立以财政拨款为主、其他多种渠道筹措高等教育经费为辅的体制，使高等教育事业的发展同经济、社会发展的水平相适应。”
第六十条第三款规定：“国家鼓励企业事业组织、社会团体及其他社会组织和个人向高等教育投入。”
1999年1月，国务院批转教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》，要求“继续实行‘共建、调整、合作、合并’的方针，今后3～5年，基本形成中央和省级政府两级管理、分工负责，在国家宏观政策指导下，以省级政府统筹为主的条块有机结合的新体制。
除少数关系国家发展全局以及行业性很强，需由国家有关部门直接管理的高等学校外，其他绝大多数高等学校由省级政府管理或者以地方为主，与国家共建”
。
1999年6月，《中共中央、国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》发布，要求“进一步简政放权，加大省级人民政府发展和管理本地区教育的权力以及统筹力度，促进教育与当地经济社会发展紧密结合。
今后3年，继续按照‘共建、调整、合作、合并’的方式，基本完成高等教育管理体制和布局结构的调整，形成中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的新体制，合理配置教育资源，提高教育质量和办学效益。
经国务院授权，把发展高等职业教育和大部分高等专科教育的权力以及责任交给省级人民政府，省级人民政府依法管理职业技术学院（或职业学院）和高等专科学校”
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