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民办高等教育的发展与否、发展快慢在很大程度上取决于主管领导的意愿，“长官意志”
严重地影响民办高等教育的发展。
民办教育的有关法律、法规、条例、决定内容空洞、模糊，只具有导向性，缺乏可操作性，结果无法落到实处。
如2002年颁布的《民办教育促进法》第五条规定：“民办学校与公办学校具有同等的法律地位，国家保障民办学校的办学自主权。
国家保障民办学校举办者、校长、教职工和受教育者的合法权益。”
但没有就如何保障民办学校的地位和权利做出具体的、可以操作的规定。
法律对民办学校的产权界定也比较模糊。
对产权关系的界定不明确、对营利问题的争论不休，直接限制了民办高等教育的发展。
民办高等教育的办学者缺乏对未来的预期，办学的热情和积极性没有得到充分激发。
这也是民办高等教育发展实力较弱，难以与公立高等教育竞争的原因所在。
即便是法律、法规、条例、决定中有规定，但在具体执行中也会大打折扣，甚至走样。
一些组织会采取各种方式和途径进行游说、讨价还价甚至违规操作，使一些规定形同虚设。
例如，《独立学院设置与管理办法》第七条规定：“参与举办独立学院的普通高等学校须具有较高的教学水平和管理水平，较好的办学条件，一般应具有博士学位授予权。”
这一规定看似明确，实则含糊不清。
如何判断举办独立学院的普通高等学校“具有较高的教学水平和管理水平，较好的办学条件”
？判断的具体指标是什么？如何理解“一般应具有博士学位授予权”
？这些含糊不清的规定实际上为执行中的“寻租”
和“违规”
行为提供了机会。
事实上，从教育部公布的独立学院名单看，办学质量平平、没有博士学位授予权的普通高等学校举办的独立学院不在少数。
令人欣慰的是，以上问题正在逐步得到解决，相比之前法律、法规的模糊性，2016年11月7日第二次修正的《民办教育促进法》在民办高等教育的办学性质和营利问题上进行了明确界定，并对民办高校及其师生的合法权益做出了明确的规定。
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