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他们质疑普兹泰教授的转基因土豆试验、巴西坚果事件等的真实性和可靠性。
对欧美国家禁止食用转基因食品一说更是直接斥之为谣言，称美国种植的88%的玉米、94%的大豆都是转基因品种；欧盟的23种转基因玉米、3种转基因油菜、1种转基因土豆、3种转基因大豆、1种转基因甜菜都用于食用；日本是全球最大的玉米进口国、第三大大豆进口国，其中大部分是转基因品种。
正方还言之凿凿：转基因技术转入的是我们透彻了解的特定基因，而且采用了更精确的技术和更严格的管理，因此它们可能甚至比常规作物所制作的食品更安全。
在转基因植物是否会影响生态安全问题上，反方认为，转基因技术创造的外来物种进入自然环境中会导致生态灾难和环境危险。
它们通过风媒和虫媒的作用，会同野生亲缘植物自然杂交，将对自然植物群落产生严重影响，而这将对生态安全带来风险。
比如，已俘获了抗除草剂基因的杂草不再可能被清楚，其对环境的适应性和生存竞争能力得到了增强，害虫种类交替抗性因素得到进化，进而威胁生物的多样性、破坏生态平衡。
反方最常援引的一个例子是，来自美国广播公司的一篇电视报道称，在美国阿肯色州一片100万英亩的转基因大豆和棉花地中，转基因作物的基因飘移到了普通杂草身上，导致原来的普通杂草同样具有了抗除草剂的特性，即使喷洒再多的“章甘膦除草剂”
也是徒劳的。
这种杂草根系发达，可以长到七八英尺高，耐高温和长期干旱，联合收割机和手工工具对它都无能为力，它们成了所种大豆和棉花养分的强有力争夺者。
而正方则强调，转基因抗病虫害等特性可以极大地减少农业除草剂和农药的使用，进而缓解滥用农药对水资源和土壤的破坏，更好地保护生态环境。
延伸阅读：湖南“黄金大米”
事件2012年8月30日，国际NGO绿色和平组织向媒体表示，由美国塔夫茨大学的唐广文教授领导的一个科研小组近日发布了其对24名中国湖南省儿童进行转基因大米人体试验的结果。
该项研究旨在检验美国先正达公司研制的转基因“黄金大米”
对补充人体维生素A的作用。
绿色和平组织说，美国的这项研究共选取了72名6～8岁的健康儿童，受试儿童全部是湖南省衡阳市一所小学的学生。
研究者令其中24名儿童在21天的时间里每日午餐进食60克“黄金大米”
，并对其体内维生素A含量进行检测，得出的结论是“黄金大米”
与维生素A胶囊效果相当。
“黄金大米”
事件在中国引起轩然大波。
相关的湖南省衡阳市当地政府、湖南省疾控中心及中国疾控中心相关研究人员先后给出不同解释，使事件变得更加扑朔迷离。
人们围绕该试验是否获得中国权威部门伦理审核、参与试验的孩子和家长是否被告知真实情况、是否存在政府欺瞒和学术诈骗等进行了激烈争论，相关当事单位和个人受到了舆论界和网络的口诛笔伐。
事件以中国疾控中心声明没有批准此项试验及对相关研究人员进行停职处分告一段落，但人们对转基因粮食在中国的敏感程度又有了新的认识。
在转基因作物商业化推广会否影响国家粮食安全问题上，反方认为，在目前的产业格局和知识产权格局下，转基因作物的商业化将危及中国的种业安全，进而危及中国的粮食安全。
主要体现在：（一）相对于中国种业的“杂、多、乱、小、散”
，跨国种业公司高度集中，实力强大，且在中国“潜伏”
多年，一旦中国放开转基因作物的商业化，它们将一举占领中国的种子市场，形成垄断性局面，对中国种子行业釜底抽薪，损害中国的粮食主权与安全；（二）虽然目前中国在水稻、棉花等的转基因作物研究上处于较高水平，但中国处于转基因研究领域“知识产权陷阱边缘”
，一旦中国的转基因作物投入商业化种植，孟山都、先锋等跨国种业公司将坐收“专利使用费”
，直接掐住中国发展的脖子，重演阿根廷大豆的悲剧。
在这方面，反方最有力的“证据”
是，2009年8月17日，国家农业部向华中农业大学两种转基因抗虫水稻“华恢1号”
和“Bt汕优63”
颁发的转基因安全证书，为其今后可能的商业化种植打开了通道。
但据绿色和平组织分析，这两种接近商业化的水稻品种以及正在研发的另外6种转基因水稻品种，全部被国外专利所控制。
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